شناسایی و ردیابی اختصاصی ‌Phytopthora drechsleri، P. cryptogea و P. erythroseptica با واکنش زنجیره‌ای پلیمراز

گونه‌های Phytophthora drechsleri، P. cryptogea و P. erythroseptica بیمارگرهای گیاهی اُاُمیستی خویشاوندند و از نظر ریخت‌شناختی به یک‌دیگر شباهت دارند. برای تمایز این آرایه‌ها از یک‌دیگر و از سایر گونه‌هایی که صفات ریخت‌شناختی همگرا دارند، شیوه‌ای بر اساس واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ساده و تودرتو ابداع شد. بدین منظور مجموعه‌ای از جدایه‌ها مربوط به میزبان‌های مختلف، که نماینده‌ی تنوع موجود در ژن‌های هسته‌ای و میتوکندریایی این گونه‌ها بودند، بررسی شد. بر اساس توالی‌ فواصل ترانویسی شده‌ی داخلی (آی‌تی‌اِس) و زیرواحد 1 سیتوکروم اکسیداز سی، شش عدد آغازگرِ واکنش زنجیره‌ای پلیمراز اختصاصی برای P. drechsleriو همچنین بر اساس زیرواحد 1 سیتوکروم اکسیداز سی سه عدد آغازگر اختصاصی برای P. cryptogea و P. erythrosepticaطراحی  و واسنجی شد. واکاوی‌ها نشان داد که بهترین نامزد برای شناسایی جدایه‌های P. drechsleriمجموعه‌ی ITS-DF2 و ITS-DR2 بود که محصولی 567 جفت بازی را فزون‌سازی می‌کرد. استفاده از آغازگرهای COX-CF1 و COX-CR2 بهترین مجموعه برای تمایز P. cryptogea/P. erythroseptica از سایر گونه‌ها بود و موجب فزون‌سازی قطعه‌ای 415 جفت‌بازی شد. واکاوی نقشه‌ی آنزیم‌های برشی این دو گونه نشان داد که جایگاه آنزیم برشی غیرپالیندرومی Mnl I در فزونه‌ی جدایه‌های P. erythroseptica منحصر به فرد است و از آن می‌توان برای تمایز این گونه از P. cryptogea استفاده کرد. نتایج این مطالعه نشان داد که استفاده از واکنش زنجیره‌ای تودرتو برای ردیابی این گونه‌ها حداقل 100 برابر حساس‌تر از روش سنتی است.